Casi siempre es el modo activo. Cambia tu programa a modo pasivo: en FileZilla, Editar → Opciones → Conexión → FTP → Modo de transferencia → Pasivo.
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Dos motivos, por este orden: lo has subido a otra carpeta, o lo estás viendo con la caché del navegador. Abre la dirección del fichero directamente y recarga con mayúsculas pulsada.
Me da «530 Login incorrect» y la contraseña es la buena
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Conecta, pero la carpeta está vacía o no veo mi web
Estás en un nivel de más o de menos. La web se sirve desde la carpeta del sitio; si al entrar ves carpetas con nombres como web o log, tu web va dentro de web. Sube ahí y vuelve a mirar.